고추는 멕시코에서 기원전 6500년경의 유적으로 부터 C.annuum으로 추정되는 종류가 출토되었으며, 기원전 850년경에는 재배가 확실했던 것으로 알려져 있다. 인도에서는 1542년에 이미 3계통이 전파되었으며 인도와 동남아시아에서는 환경이 원산지와 비슷하여 재배가 용이하였다. 1400년대 유럽에서는 후추를 귀하게 여겼는데 콜럼부스를 따라 항해했던 쟌가라는 사람이 멕시코 원주민들이 '아기'라는 이름의 후추보다 더 맵고 빛깔이 붉고 고추를 향신료로 사용하는 것을 발견하고 이를 붉은 후추(RED PEPPER)라 하여 유럽에 전하였다고 한다.
16세기 동양에 전파된 후 특히 인도 등 동남아시아에서는 17세기 경에 많은 품종이 재배되었다. 이들 지역에서는 오늘날 고추 없이는 식생활이 어려울 정도로 중요한 향신식품이 되어 소비량이 많고 세계적인 생산지로 발달되었다. 중국에 전파된 시기는 명조말경이라 하며, 일본에는 1542년 포르투칼인에 의해 담배와 함께 전파되었다는 남방도입설과 임진왜란때 장수로서 우리나라에 왔던 가등청정이 우리나라로부터 가져갔다는 북방도입설이 있다.

우리나라에는 1614년 광해군 6년 이수광이 저술한 지봉유설에 고추를 가르키는 남만초의 기록이 있고, 도입시기는 임진왜란(1592 ~ 1598) 이전으로 추정된다. 그 후 1710년 숙종 36년에 중국에서 도입된 기록이 있다.